A Coordenação de Ordenamento e Gestão Territorial (COGEST) está vinculada à Gerência de Recursos Naturais do IEMA e tem por finalidade propor, planejar, executar, monitorar e coordenar ações relacionadas ao ordenamento e gestão territorial e costeira, com base nas políticas, planos e programas de governo. Visa apoiar a gestão associada com os municípios para o planejamento e gestão territorial no âmbito do desenvolvimento urbano.